โดยทั่วไป เจลแอลกอฮอล์ที่นิยมใช้เป็นส่วนผสมในการผลิตเจลล้างมือ คือ เอทานอล (ethanol หรือ ethyl alcohol) เป็นของเหลวใสไม่มีสี ไม่มีกลิ่น และสามารถระเหย ได้ดี แต่มีแอลกอฮอล์อีกชนิด นั่นคือ เมทานอล (methanol หรือ methyl alcohol ) ซึ่งเป็นแอลกอฮอล์ที่มีพิษ ห้ามใช้กับร่างกาย ใช้ในสำหรับอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น ใช้เป็นเชื้อเพลิงจุดให้แสงสว่าง หรือปนกับทินเนอร์ สำหรับผสมแลคเกอร์ เมทานอลสามารถดูดซึมได้ทางผิวหนัง ลมหายใจ หากสูดดมเข้าไปในปริมาณมากจะท้าให้เกิดการระคายเคืองต่อระบบทางเดินหายใจ หลอดลมอักเสบ หลอดคออักเสบ กรณีที่มีการระคายเคืองต่อเยื่อบุตาอาจส่งผลท้าให้เยื่อบุตาอักเสบ หากสูดดมเข้าไปมากๆจะท้าให้เกิด การปวดท้อง เวียนหัว คลื่นไส้ อาเจียน กล้ามเนื้อกระตุก หายใจล้าบาก การมองเห็นจะผิดปกติจนอาจท้าให้ตาบอดได้
การออกฤทธิ์ของเจลล้างมือแอลกอฮอล์จะไปยับยั้งการเจริญของเซลล์แบคทีเรียหลากหลายชนิด รวมถึง ไวรัส และเชื้อรา จึงนิยมใช้ในการฆ่าเชื้อผิวหนังและพื้นผิวทั่วไป แอลกอฮอล์เป็นสารที่ท้าให้เกิดการคายน้ำ (strong dehydrating agent) ออกจากเซลล์ แล้วดูดซึมแอลกอฮอล์เข้าไปท้าให้เซลล์เมมเบรนถูกท้าลายและโปรตีนเปลี่ยนสภาพอย่างรวดเร็ว ซึ่งเป็นผลต่อเนื่องไปรบกวนเมตาบอลิซึมและท้าให้เซลล์ถูกท้าลายในที่สุด
โดยนิยมใช้สารละลายเจลแอลกอฮอล์ที่ความเข้มข้น 70%
เนื่องจากระเหยไม่เร็วเกินไปและมีปริมาณน้ำเพียงพอที่จุลินทรีย์จะดูดซึม และออกฤทธิ์ท้าลายเซลล์ ขณะที่แอลกอฮอล์ 95% – 100% จะมีการระเหยรวดเร็วมากและมีปริมาณน้ำไม่เพียงพอที่จะดูดซึมเข้าไปในเซลล์เมมเบรน แต่จะท้าให้เกิดการคายน้ำ ออกจากเซลล์อย่างรวดเร็วโดยไม่ได้ฆ่า และเมื่ออยู่ในสภาวะเหมาะสม จุลินทรีย์เหล่านี้ได้รับน้ำเข้าเซลล์ จะสามารถคงสภาพเดิมได้ นอกจากนี้ ยังพบว่าแอลกอฮอล์ที่มีความเข้มข้นน้อยกว่า 50% จะมีประสิทธิภาพในการท้าลายจุลินทรีย์ลดน้อยลงมาก